Tras la muerte de Jacob, José ordenó a sus médicos que embalsamaran a su padre. Esto resulta chocante para muchos, ya que el embalsamamiento está prohibido por la ley judía, y la única otra mención de embalsamamiento en la Biblia se realizó a José sólo unos años después.
Aunque el cuerpo de Jacob fue llevado a Hebrón inmediatamente después de terminar el embalsamamiento, el de José permaneció en Egipto durante varios siglos, hasta que los Hijos de Israel llevaron sus huesos a Tierra Santa durante el Éxodo.

El embalsamamiento es el tratamiento artificial de un cadáver para evitar o retrasar su putrefacción. El embalsamamiento en forma de momificación de los muertos es, de hecho, una práctica egipcia. Se cree que los egipcios secaban los cadáveres con calor solar en las calientes arenas del desierto o, como en una de las cámaras encontradas en Tebas, en habitaciones calentadas artificialmente.
El historiador griego Heródoto describió el proceso de embalsamamiento egipcio como la utilización de un gancho de hierro para extraer el cerebro a través de las fosas nasales y la posterior inyección de productos químicos cáusticos para destruir lo que quedaba. Los órganos abdominales se extraían a través de un corte realizado a lo largo del costado. Los órganos se lavaban y se ponían en remojo en vino de palma e infusiones de especias. Luego se guardaban en tarros canopos de piedra caliza o cerámica. El corazón, que los egipcios creían que era la sede de la inteligencia, se extraía, se envolvía en lino y se volvía a colocar en la cavidad torácica. La cavidad se rellenaba con mirra, casia y otras especias antes de coserla; luego se lavaba el cuerpo y se envolvía de pies a cabeza en lino fino y se empapaba en natrón (sal-petre). A diferencia de la Biblia, Heródoto describe el proceso como algo que requiere 70 años, que es casualmente el periodo de tiempo que la Biblia describe como el periodo de luto por Jacob. La Biblia describe el proceso como de 40 días.

Algunos comentarios bíblicos sugieren que el embalsamamiento de Jacob no fue este proceso sangriento, sino simplemente la inyección de productos químicos conservantes en su cuerpo.
El embalsamamiento en el caso de Jacob debía mantener el cuerpo en un estado respetable durante el período de tres meses que transcurrió desde su fallecimiento en Egipto hasta su entierro en Canaán; setenta días de luto en Egipto(50:3).
seguido de la marcha a Canaán, más siete días adicionales de luto en Canaán.
La ley judía prohíbe embalsamar a una persona aunque se solicite expresamente el embalsamamiento. El embalsamamiento es, de hecho, un perjuicio para el difunto, ya que el alma no puede abandonar el cuerpo y el difunto no puede descansar en paz hasta que el cuerpo se desintegre. Cuanto más tarde el cuerpo en descomponerse, más tardará el alma en abandonar este mundo y ascender al cielo (Talmud Brajot 18b).Esto, sin embargo, sólo es cierto para la persona corriente que ha pecado, y no se aplica a las personas justas como Jacob y José, que no pecaron. Las almas de los justos ascienden al Cielo aunque sus cuerpos se conserven y no se descompongan.
El Talmud (Sanedrín 47b) afirma que la descomposición del cuerpo es una forma de expiación, algo que Jacob no necesitaba. Por tanto, su cuerpo no se habría descompuesto ni siquiera sin ser embalsamado. Así pues, al embalsamar a su padre, Iosef mostró una falta de aprecio por la grandeza de su padre al sugerir que, de hecho, necesitaba ser embalsamado para preservar su cuerpo. El Midrash (Bereshit Rabá 100) sugiere que Iosef fue castigado por embalsamar a su padre y se le acortó el tiempo de vida asignado.
El comentarista bíblico conocido como el Ohr HaChaim sugirió que, en realidad, José sabía que su padre justo no se descompondría. Pero temía que si los egipcios lo hubieran presenciado, habrían divinizado a Jacob y adorado su cuerpo, y posiblemente tampoco le habrían permitido sacar el cadáver del país. Para evitarlo, José lo embalsamó a propósito, para que los egipcios atribuyeran su conservación a causas naturales.